Masterplan rumah sakit ini direncanakan dalam pentahapan yang masing-masing dalam pelaksanaannya tidak akan mengganggu aktivitas di dalam rumah sakit itu sendiri.

Skenario pertama tahap pertama adalah optimalisasi aset fisik yang telah ada, dan meminimalisasi pembangunan fasilitas secara radikal. Konsep selanjutnya pengembangan (development) aset fisik yang menimbulkan daya ungkit dan putaran keuntungan yang besar serta pemanfaatan (utilization) secara optimal semua aset fisik ruang bangunan, lahan dan infrastruktur. kemudian pengembangan yang hendak dicapai yaitu dorongan, visi, misi dengan stabilitas, kemajuan bertahap dan menyeluruh. Pada tahap pengembangan berikutnya difokuskan pada peningkatan kualitas pelayanan rumahsakit khususnya peningkatan kapasitas dan kualitas pelayanan rawat inap. Selain itu juga dilakukan penataan lansekap ruang luar berikut lansekap fasilitas parkir untuk memberikan nuansa sejuk dan hijau serta pengembangan sistem jaringan infrastruktur rumahsakit.

Skenario kedua tahap pertama yaitu tahap inkremental, optimalisasi aset fisik yang telah ada. Pengembangan ditekankan pada fungsi kunci bagi pelayanan medik di RS Panti Rahayu. Tahap moderat adalah pengembangan (development) aset fisik yang menimbulkan daya ungkit dan putaran keuntungan yang besar serta pemanfaatan (utilization) secara optimal semua aset fisik ruang bangunan, lahan dan infrastruktur. Tahap radikal mempunyai konsep dalam skenario ini adalah pembangunan baik fungsi pelayanan medik maupun penunjangnya. Dalam pengembangan fase ini menciptakan landasan kuat bidang fisik untuk mengembangkan pelayanan paripurna serta sesuai visi produktivitas bagi fase selanjutnya.