Masjid Penajam direncanakan menjadi salah satu masjid terbesar dan termegah di Kalimantan Timur. Dengan mengusung bentuk modern tanpa menghilangkan citra Islami melalui penggunaan material modern seperti kaca dan baja yang membentuk ornamen-ornamen bercitra Islami.

Perencanaan tata lansekap di sekitar masjid selain berfungsi sebagai lahan hijau juga berfungsi mendukung vista ke kawasan masjid.